События мультфильма «Призрак в доспехах: Синдром одиночки — Дело о смеющемся человеке» разворачиваются в недалеком будущем, когда границы между государствами полностью рухнули по причине быстрого развития интернета. Главный герой - давно разыскиваемый молодой хакер Аой по кличке Смеющийся человек, начинает вмешиваться в мировую политику. Министерство Общественной безопасности берется за розыск опасного преступника. Группа кибернетически модифицированных копов получает секретное задание найти и остановить Аоя. Однако в ходе расследования возникает вопрос о том, кто же такой Смеющейся человек в том странном мире, где грань между человеком и машиной почти полностью стерта?