Действия сериала "Черная лагуна", разворачиваются в школе-интернате. Там учатся дети из влиятельных семей, и их все устраивает. Начинается новый учебный год, и это означает то, что придут новые ученики. Среди новичков оказываются двое главных героем. Ими становятся семнадцатилетний Маркус и его сестра Паула. Они потеряли родителей, и их жизнь превратилась в настоящий кошмар. Еще на работу в школу устраивается новенькая горничная, по имени Мария. Она в прошлом потеряла ребенка и узнала, что он здесь учится. Их ожидает множество невероятных испытаний и приключений, и придется сделать все возможное, и раскрыть тайны этого загадочного места.