События фильма «Крабат. Ученик колдуна» разворачиваются на территории современной Германии в первой половине семнадцатого века. Главный герой – сирота Крабат, скитающийся по деревням в поисках еды и ночлега. Как-то раз он приходит к старой водяной мельнице, о которой ходят мрачные слухи. Мальчик узнает, что мельница принадлежит могущественному колдуну. Каждый год хозяин набирает двенадцать учеников и обучает их тайным знаниям черной магии. Совсем скоро Крабат становится одним из этих учеников, но узнает, что существует древняя традиция, согласно которой один из двенадцати должен быть принесен в жертву. Теперь для главного героя это становится смертельным испытанием, где предстоит сделать выбор между магической силой и свободой.