События военной драмы «В тылу врага» разворачиваются в разгар Боснийской войны на борту американского авианосца USS Carl Vinson. Здесь несут службу пилот Джереми Стакхауз и штурман Крис Бернетт. Молодой штурман отчаянно тяготится рутинными тренировочными вылетами и грезит об участии в реальных боевых операциях, однако его непосредственный начальник, адмирал Лесли Рейгарт, убежден, что тот не обладает опытом. Во время очередного патрулирования Бернетт фиксирует на приборах странную активность внизу и убеждает своего напарника отклониться от курса, чтобы обследовать закрытый сектор. Главным героям удается раскрыть место расположения секретного лагеря, в котором массово казнили мирное население.