События сериала «Затмение» разворачиваются в Москве в начале шестидесятых годов. В столице неожиданно вспыхивает черная оспа, которую считали уничтоженной в Советском Союзе. Чтобы предотвратить катастрофу, КГБ поручает провести расследование полковнику Шилову. Для него это не просто служебное задание, ведь когда-то от вируса умер близкий ему человек, поэтому дело для него личное. Задача – выявить всех зараженных и остановить распространение инфекции. А черная оспа проникает в самые темные уголки московской жизни, где процветают фарцовка, подпольные тотализаторы, торговля валютой, проституция и наркотики. Чтобы добраться до источника заразы, главному герою предстоит погрузиться в криминальный мир столицы, постепенно разоблачая его представителей.