Главный герой мультфильма «Тайна зубных фей» – храбрый мальчик Ван, который живет в сказочной стране. В этих волшебных краях всегда что-то случается, связанное с магией и волшебством. Как-то раз Ван знакомится с девочкой-гоблином Джеммой, которая прекрасно разбирается в самых сложных технологиях и мечтает стать ученой. Феи уже тысячи лет враждуют с гоблинами, но Ван с Джеммой очень быстро становятся лучшими друзьями. А потом Джемма знакомит Вана с милым троллем Рупи. Троица объединяется ради того, чтобы спасти весь этот сказочный мир, который задумала поработить злая Королева Пауков.