События научно-фантастического анимэ «За облаками» разворачиваются в Японии в середине девяностых годов, но в альтернативной реальности. Япония не просто капитулировала после Второй мировой войны – страну разделили между собой Советский Союз и США. СССР получил остров Хоккайдо, где появилось много строений, а старшеклассник Хироки очень хочет понять, что спрятано в одной из высоких башен. Хироки с лучшим другом Такуя ремонтируют старый самолет времен войны, чтобы посмотреть на гигантскую конструкцию сверху. Вместе с ребятами в полет просится их одноклассница Саюри. С большой неохотой, но Хироки и Такуя соглашаются взять ее с собой. В последний момент девочка исчезает, а друзья уверены, что это связано с башней.