Главный герой дорамы «Под прикрытием в старшей школе» – лучший спецагент Южнокорейской национальной разведывательной службы Чон Хэ Сон, который получает новое задание. Он молод и лучше всех подходит для того, чтобы принять облик старшеклассника и стать учеником элитной школы, руководство которой имеет отношение к исчезновению золота императора Годжона. В этом классе есть главная заводила – дочь директора Ли Йе На, которая очень любит лезть в чужие дела и распространять сплетни. И спецагент понимает, что эта девушка не даст так просто завершить дело. Теперь главному герою надо как-то расследовать дело государственной важности и найти способ поставить директорскую дочь на место.