События фильма «База «Клейтон»» разворачиваются глубоко в джунглях, где стоит последняя американская военная база на Панамском канале. В джунглях проходят учения спецназовцев, которыми руководит гениальный военный Нэйтан Вест. Случается сильный ураган и дождь, пропадает связь. Спасательный вертолет вылетает искать бойцов, которые оказались в самом эпицентре страшной грозы. Найти удается только двоих бойцов, где один спас второго. Все остальные будто испарились. Однако самое странное то, что солдаты дают совершенно разные показания, а это только сильнее запутывает дело. Детективы подозревают, что дело в наркотиках. Поэтому, чтобы разобраться с мистическим исчезновением отряда спецназовцев на базу «Клейтон» приглашают спецагента ФБР из отдела по борьбе с незаконным оборотом наркотиков Харди.