Мультфильм «Мегамозг против синдиката Рока» – это продолжение истории знаменитого злодея, который решил заняться чем-то полезным. Мегамозг теперь супергерой и защитник Метро-Сити. Бывший злодей с большим удовольствием очищает город от самых разных преступников, но все меняется, когда в Метро-Сити приезжает Синдикат Рока. Это банда суперзлодеев, членом которой когда-то был Мегамозг. Злодеи устраивают хаос в городе, и люди боятся покидать дома. Мало того, Синдикат Рока задумал устроить самое больше злодеяние в истории человечества – отправить Метро-Сити на Луну. Правда, злодеи еще не знают, что их бывший соратник здесь знает об этих планах и давно перешел на сторону добра.