Мультфильм «Крутые яйца: Миссия «Пингвин»» расскажет историю коварных пиратов, которые задумали новую пакость. Злодеи отправляются на Южный Полюс, где крадут трех милых пингвинов и совсем маленького белого медвежонка Полито. Пираты забирают зверят в Мексику и открывают там свой цирк. Теперь четверо похищенных зверушек вынуждены развлекать избалованных детей. Маленький Полито не теряет зря времени и готовит план побега, который ему удается! Друзья сбегают из ненавистного цирка и оказываются на ранчо семьи гордого петуха Тото. Владельцу ранчо становится жалко несчастных беглецов, поэтому он решает помочь им вернуться домой. Тото собирает самых храбрых куриц и отправляется на Южный полюс, сопровождая медвежонка и пингвинов. А тем временем пираты уже знают, куда направляются беглецы. Начинается погоня!