Главный герой детективного сериала «Внутреннее расследование» – начальник убойного отдела Рустем Зайнулин, который становится подозреваемым в совершении убийства. Убит сотрудник этого отдела, который работал под прикрытием. За день до убийства агент сообщил начальнику, где прячется опасный преступник Низамов, которого разыскивают за несколько убийств. Назимов куда-то сбегает, агента находят убитым, а Зайнулина задерживает УСБ. Разобраться в этом непростом деле просят полковника в отставке Щуку. Несмотря на то, что методы полковника устаревшие, в УСБ понимают, что таких честных полицейских больше нет, и только он сможет докопаться до истины.