События мультфильма «Скуби-Ду! И Крипто тоже!» разворачиваются после таинственного исчезновения всех членов отважной команды Лиги справедливости. Лоис Лейн, Джимми Олсон и Скуби-Ду заводят дружбу с существом по прозвищу Мистери, которое обещает им помочь найти друзей. Направляясь в Метрополис, троица друзей выясняет, что город наводнен опасными суперзлодеями, которые узнали, что Лиги справедливости больше нет, и можно творить, что душе угодно. Любознательный Скуби-Ду, Лоис Лейн и Джимми Олсон отправляются навстречу большим приключениям, в которых они находят нового союзника - суперпса по прозвищу Крипто.