Главный герой детективного сериала «Шифр» – один из лучших криптоаналитиков ФБР Уилл Скотт, которому дают новое задание. Скотт должен расшифровать документ, который нашли на месте убийства. А убили не совсем простого человека, а одного из сотрудников спецслужбы. Известно, что эта бумага принадлежала очень опасным людям. Уилл берется за работу и еще не догадывается, с чем ему предстоит столкнуться. Мистеру Скотту удается расшифровать документ – это имена, список секретных агентов ФБР, которых должны убить. Отныне жизнь главного героя и всей его семьи оказывается в смертельной опасности, ведь владельцы зашифрованной бумаги открыли на него охоту.