Главный герой фильма «Дети шпионов: Армагеддон» – четырнадцатилетний подросток Майк, который увлечен компьютерными играми. Однажды мальчишка заводит в сети дружбу с известным разработчиком игр, а тот сообщает ему, что его родители не совсем простые люди, а секретные агенты. Майк заводит в сети дружбу с другими детьми величайших секретных агентов, и вместе с ними он невольно помогает этому человеку создать и распространить сильнейший компьютерный вирус. Если вирус попадет в сеть, то этот человек получит контроль над всеми технологиями в мире. В последний момент главный герой понимает, что его используют, поэтому он объединяется со своими новыми друзьями, чтобы спасти родителей и весь мир.