События мультсериала «Судьба: Великий приказ. Вавилония» разворачиваются в далеком будущем, когда человечество оказывается в шаге от полного вымирания. Сотрудники секретной организации «Халдея» пытаются понять, что происходит. И, наконец, молодой ученый Рицука Фудзимару узнает, что в далеком 2017-м году во многих местах Земли произошла странная сингулярность, которая изменила и искривила ход времени. Ученый обращается за помощью к великому колдуну Мэшу Кириелайт и с помощью запретного ритуала отправляется в начало двадцать первого века, чтобы исследовать странную сингулярность и ликвидировать ее.