События исторического фильма «Тень Караваджо» разворачиваются в начале семнадцатого века. Обвиненный в убийстве соперника и приговоренный к смертной казни Караваджо бежит из Рима в Неаполь. Папа Павел Пятый однажды узнает, что молодой и талантливый художник не только преступник, но еще и еретик. Караваджо бросил вызов церкви, ведь он использует в качестве моделей для написания библейских сюжетов нищих, проституток и воров. Папа Римский обращается к секретной службе Ватикана, которая должна найти и ликвидировать богохульника. В Неаполь с расследованием направляется Тень, посланник, в чьих руках теперь находится судьба гениального художника.