Главная героиня мультфильма «Криптополис» - Лорен, которую в детстве мучили ночные кошмары. Однажды поздно ночью в ее комнате появился таинственный Баку, который избавил девочку от наваждений. Прошло много лет, Лорен стала взрослой, теперь она профессиональная охотница за криптидами, монстрами, которые влезают в детские сны. Девушка решает также посвятить свою жизнь спасению таинственных существ Баку, укрывая их в секретном заповеднике. О существовании этого заповедного места не знает ни один человек. Однажды на территорию проникает пара влюбленных, что приводит к страшным и непредсказуемым последствиям.