Мультфильм «Агент Али» повествует о том, что Малайзию регулярно пытаются атаковать разного рода враги, террористы, богатые сумасшедшие и просто злые эгоисты. Сил добра не хватает, чтобы можно было легко противостоять всем угрозам и врагам, поэтому национальное агентство шпионов идет на крайние меры – начинает вербовать детей. Благодаря этому решению был завербован в шпионы двенадцатилетний мальчишка Эджен Али. Он прошел обучение в школе шпионов, после чего отправился выполнять первое секретное задание. Поначалу мальчишка думал, что не справится с данной профессией, но потом он поверил в свои силы и стал лучшим защитником футуристического города в Малайзии Киберая от бандитов, террористов и злых богачей.