Главные герои мультсериала «Кланнад: Продолжение истории» - Томоя Окадзаки и его девушка Нагису Фурукаву. Миновали выпускные экзамены, и прошло лето. Юноша сделал свой выбор и теперь живет в большом доме своей девушки, Нагисы Фурукавы. Томоя считает семью девушки настоящим чудом, ведь это те теплые отношения, которых он был лишен в детстве и юности. Бывший хулиган всерьез задумался о создании семьи вместе с Нагисой. В это же время свою личную жизнь налаживают сестры Нагисы – Кё и Рё, а также гений физики Котоми. Даже странноватая любительница морских звезд Фуко нашла себе парня и больше не ведет беседы сама с собой…